有機肥堆積發酵主要是利用多種微生物的作用，將植物有機殘體進行礦質化、腐殖化和無害化，使各種復雜的有機態的養分，轉化為可溶性養分和腐殖質，同時利用堆積時所產生的高溫(60-70℃)來殺死原材料中所帶來的病菌、蟲卵和雜草種子，達到無害化的目的。因此，為了獲得優質有機肥，在堆積過程中，千方百計地為微生物的生命活動創造良好的條件，是加快有機肥腐熟和提高肥效的關鍵。

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畜禽糞便、秸稈、作物枝蔓及果樹枝條均可作為有機肥發酵的原材料。本次介紹以畜禽糞便為主體的有機肥方法，材料可以選用牛糞、豬糞或羊糞，.好再加上粉碎/切碎后的作物秸稈，可以起到調節原料濕度、C/N比以及透氣性的作用。如果實在沒有作物秸稈，那需要先將糞便避雨進行日曬干燥，使水分均勻減少，以便添加菌種后達到發酵要求的濕度。

有機肥原材料的混合、堆積需要著重考慮以下五點：

1、材料的C/N比調整
    材料整體必須含有作為微生物食用適量的氮、碳，其指標就是C/N。由于有機肥原料具有不同的C/N，所以需要將高C/N和低C/N的材料混合，讓混合后的材料C/N控制在微生物喜歡的20-30，發酵才能順利進行。

2、水分調整
    C/N調整好后就可以混合堆積了，在發酵之前需要將原料整體水分調整為50-60%再開始。（常見方法是手握成團不滴水）

3、通氣調整
    有機肥發酵主要依靠好氧的微生物進行，因此充分供給微生物呼吸所需的氧氣是很重要的，對于豬糞等纖維少的糞便需要添加秸稈來提高原料透氣性，一般發酵過程中可通過通風和翻攪來為有機肥原料輸送新鮮氧氣。

4、形狀
    有機肥原料和微生物接觸的機會（面積）越多，發酵和分解進行的越順利，因此形狀大的材料需要事先切斷或粉碎。

5、溫度
    有機肥的溫度是微生物產生的發酵熱，它因材料或堆積方式的不同而異，秸稈等屬于60℃左右的中溫發酵，鋸末、樹皮等木質材料一般是70℃-80℃的高溫發酵。
    病原菌、雜草種子等因發酵熱而死亡，但是如果發酵溫度過高，會導致肥料成分的揮發，堆肥燃燒、質量降低。因此在高溫2-3天時進行翻攪釋熱，同時讓二氧化碳出去，讓新鮮氧氣進來。（若原料過干也可采用噴水的方式降溫）

有機肥好氧發酵階段：

1、發熱階段
    有機肥制作初期，以糖類、淀粉、蛋白質等易分解有機質被利用，產生大量熱量，不斷提高堆料溫度。（較高的氣溫對于微生物發酵的啟動也是有利的，通常在低溫時會覆蓋苫布來促進升溫，并將原料至少堆成1.2米高來保存發酵熱。）

2、高溫階段
    堆料溫度達到50℃以上進入高溫階段，起主導的微生物也由中溫性過渡為好熱性微生物，它們對于纖維素、果膠物質等較復雜有機物質具有強烈分解作用，將堆料溫度提升至60℃-70℃，甚至是80℃。

3、降溫階段
    當纖維素及果膠物質等被大部分分解后形成新的腐殖質，剩下難分解的木質素等物質，微生物活動減弱，溫度逐漸下降，此時接力棒又傳遞至中性微生物。如果降溫階段來的過早則說明原料分解不夠充分，可翻堆攪拌均勻后使之產生二次發熱、升溫，促進有機肥腐熟。

4、腐熟保肥階段
    堆肥腐熟后體積縮小、溫度降低且不再發熱，堆料成分趨于穩定。

有機肥成品特征：

1、不應繼續升溫并產生臭味；

2、水分應降到45%以下；

3、物料分散不結塊；

4、顏色通常為暗褐色，手感松軟。

在農業生產中，果樹落葉、作物秸稈、豆粕、棉粕以及蔓生作物莖葉等都被我們視作廢棄物，往往不能得到合理的處置；在養殖業中，動物糞便是養殖污染的主力軍，對于養殖戶來說，糞便的處理被視作頭等難題；在工業生產中的酒糟、醋糟、糖渣等；居家生活的生活垃圾、廚余垃圾等；城市管理的河道污泥、下水道淤泥等，這些均可以視為被放錯位置的資源，經微生物發酵腐熟后均可用于農林生產。

（生活垃圾作為有機肥原料應注意成品鹽分含量；河道污泥、下水道淤泥作為有機肥原料應注意成品重金屬含量；雞糞作為有機肥原料應注意成品抗生素和鹽分含量）。